第23版:
本页列出了所有CLC软件产品、插件和特殊用例的要求。生物医学基因组学分析插件、CLC 单细胞分析模块、CLC 微生物基因组学模块的要求各不相同,下面单独列出,3D 分子查看器、读取映射和从头组装的特殊用例要求也是如此。请注意,使用生物医学基因组学分析分析QIAseq面板生成的数据需要16 GB RAM,建议使用24 GB。
齐根CLC基因组学工作台
*不使用插件功能的标准要求
用于映射读取的内存和 CPU 设置
为了映射到人类基因组(3.2千兆碱基)或类似大小的基因组,需要16 GB RAM。当映射到小基因组时,可以使用较小的系统。
在处理大型数据集时,较大的内存量有助于提高分析的整体速度,但预计超过 32 GB RAM 的增益很小。
增加 CPU 的数量可以减少读取映射所需的时间,但是,性能提升预计将限制在大约 40 个线程以上。
3D 查看器的系统要求
支持 OpenGL 2.0 的显卡。
注意:仅当 CLC 基因组学工作台安装在打开查看器的同一台计算机上时,才支持 3D 渲染。不支持间接呈现(例如通过 ssh 进行 X11 转发)、远程桌面连接/VNC 以及在虚拟机中运行。
插件和模块
生物医学基因组学分析插件
生物医学基因组学分析的系统要求与CLC基因组学工作台的系统要求相同,但以下要求除外:
QIAseq分析的特殊要求
以下用例具有特定的系统要求
CLC光速模块
CLC LightSpeed 模块的系统要求与 CLC 基因组学工作台的系统要求相同,除了以下内容:
CLC 单细胞分析模块
CLC单细胞分析模块的系统要求与CLC基因组学工作台的系统要求相同,但以下几点除外:
大多数工具都可以在笔记本电脑等适度的硬件上运行,尤其是当单元数低于 50,000 时。
映射读取的特殊要求
对于将读取映射到参考文献,我们建议使用 CLC 基因组学服务器(请参阅下面的要求)。虽然可以使用具有 16 GB RAM 的笔记本电脑,但当超过 1000 个单元时,大量读取可能会导致运行时间过长。
长读支持(测试版)插件
长读支持(测试版)插件的系统要求与CLC Genomics Workbench的系统要求相同,但以下几点除外:
CLC微生物基因组学模块
CLC微生物基因组学模块的系统要求与CLC基因组学工作台的系统要求相同,但以下几点除外:
- 使用DIAMOND和ShortBRED的工具需要支持AVX2或NEON指令集的CPU。
MLST方案工具的特殊要求
MLST方案工具的系统要求取决于MLST方案的大小(等位基因的数量和序列类型的数量)。具有16GB内存的笔记本电脑通常足以用于基于中等数量的分离株的7基因方案或cgMLST方案。键入或构造更大的方案可能需要更多内存,通常,在使用基于 100 多个隔离的 cg/wgMLST 方案时,我们建议至少使用 64GB 内存。
分类剖析器的特殊要求
分类剖析器的质量性能取决于所使用的参考数据库——数据库越完整,质量越好。但是,使用给定的数据库大小运行分类探查器至少需要相同的内存量。例如,使用 14 GB 数据库运行至少需要 16 GB RAM,使用 56 GB 数据库运行至少需要 64 GB RAM。使用下载微生物参考数据库工具创建参考数据库时,您将收到有关使用此数据库运行分类分析器所需内存要求的警告。
从头组装宏基因组的特殊要求
建议在运行从头组装宏基因组时至少具有 16 GB RAM。
其他要求
PCoA 3D 查看器要求与上述 CLC 基因组学工作台部分中描述的 3D 查看器要求相同。
Sunburst 查看器使用 JavaFX,可能无法在较旧的 Linux 内核上运行。有关 JavaFX 要求的更新列表,请访问 http://www.oracle.com/technetwork/java/javafx/downloads/supportedconfigurations-1506746.html。